Разница между кинетопластом и мега-кДНК заключается в структуре ДНК.
Кинетопласт содержит ДНК в двух формах: миникольца и максикольца. ru.ruwiki.ru wiki2.org Максикольца содержат от 20 до 40 тысяч пар оснований и имеются в кинетопласте в числе нескольких десятков. ru.ruwiki.ru wiki2.org Один кинетопласт содержит несколько тысяч миниколец, содержащих 0,5–1 кб. ru.ruwiki.ru wiki2.org Максикольца кодируют белки, необходимые для функционирования гигантской митохондрии, в которой находится кинетопласт. ru.ruwiki.ru wiki2.org
Мега-кДНК распределена равномерно по матриксу митохондрии, при этом не содержит миниколец. ru.ruwiki.ru wiki2.org Последовательности, сходные с таковыми миниколец других кинетопластов, тандемно объединены в более крупные молекулы длиной около 200 кб. ru.ruwiki.ru wiki2.org
Таким образом, основное отличие заключается в том, что в кинетопласте есть миникольца и максикольца, а в мега-кДНК — только крупные молекулы.