Разница между кэпированием и полиаденилированием в процессе формирования зрелой мРНК заключается в том, где происходит модификация концов молекулы. 2

Кэпирование заключается в присоединении к 5'-концу мРНК специального модифицированного нуклеотида (кэпа). 14 Кэпирование необходимо для инициации синтеза белка, так как инициирующие триплеты AUG, GUG распознаются рибосомой только если присутствует кэп. 3

Полиаденилирование заключается в добавлении на 3'-конец мРНК адениновых нуклеотидов (полиаденинового, или поли(А)-, хвоста). 1 Наличие полиА-последовательности на 3'-конце облегчает выход мРНК из ядра и замедляет её гидролиз в цитоплазме. 3

Таким образом, кэпирование касается 5'-конца, а полиаденилирование — 3'-конца молекулы мРНК.