Разница между JNLP и JAR форматами файлов заключается в их назначении и использовании:

1. JNLP (Java Network Launch Protocol) — сетевой протокол запуска приложений на языке Java. 3 Файлы JNLP включают информацию о месте расположения JAR-архивов и имени главного класса приложения. 3 Они используются в технологии Java Web Start для описания запуска приложений. 3
2. JAR — формат файлов, в котором упакованы приложения Java. 13 Для простых приложений, которые зависят только от стандартных библиотек классов Java SE, создаётся JAR-файл, содержащий все скомпилированные классы приложений. 1 Если приложение зависит от сторонних библиотек, то создаётся один JAR-файл, который содержит классы приложений и связанные ресурсы вместе с классами и ресурсами зависимостей. 1

Таким образом, JNLP описывает запуск приложений Java Web Start, а JAR — сами приложения, упакованные для доставки с помощью этой технологии. 3