Разница между использованием тире и запятой в сложноподчинённых предложениях заключается в том, что каждый из этих знаков имеет свои особенности применения:

• Тире ставится между придаточной частью (группой придаточных) и последующей главной частью предложения, если придаточная часть или группа придаточных, предшествующих главному предложению, произносятся с логическим выделением информативно важного слова и с глубокой паузой перед главной частью. 4 Например: «Приняли ли они решение — так никто и не узнал». 3
• Запятая ставится, если придаточная часть стоит перед главной частью или после неё. 12 Если же придаточная часть находится внутри главной части, то она выделяется запятыми с двух сторон. 1 Например: «Двойное небо, когда облака шли в разные стороны, кончилось дождём на два дня». 1

Кроме того, запятая и тире могут сочетаться в сложноподчинённых предложениях. 35 Обычно это бывает, когда нужно отделить два однородных придаточных от основной части высказывания. 3 Например: «Кто из них виноват, кто прав, — мы сейчас сказать не можем». 3