Разница между использованием PyMongo и официального драйвера MongoDB для Python заключается в их назначении и уровне абстракции:
Таким образом, PyMongo предоставляет низкоуровневые инструменты для работы с MongoDB, позволяя выполнять операции CRUD (создание, чтение, обновление и удаление) в базе данных и легко строить конвейеры агрегации. 13 MongoEngine, в свою очередь, обеспечивает более высокую абстракцию, упрощая работу для разработчиков, привыкших к работе с SQLAlchemy или другими похожими ORM. 1
Выбор между этими библиотеками зависит от конкретных задач и предпочтений разработчика.