Разница между использованием «что» как союза и как вопросительного местоимения заключается в их функциях и контексте употребления:

1. Как союз «что» служит для связи предложений и не является членом предложения. 14 Например: «Я не знал, что он инженер». 1
2. Как вопросительное местоимение «что» употребляется в вопросительных предложениях и указывает на предмет, явление или событие. 35 Например: «Что произошло?». 1

Таким образом, союз «что» связывает части предложения, а вопросительное местоимение «что» используется для постановки вопроса. 34

Ещё одно отличие заключается в том, что относительное местоимение «что» в роли союзного слова в сложноподчинённом предложении является членом предложения и к нему можно задать синтаксический вопрос. 3 Например: «Весь вечер я думал, что скажу на собрании». 3