Разница между глаголами с суффиксами -а- и -е- в русском языке заключается в том, что суффикс -а- используется в глаголах второго спряжения, а суффикс -е- — в глаголах первого спряжения, а также в глаголах-исключениях, которые имеют окончания второго спряжения. 1

Например, глагол «держать» имеет суффикс -а- и относится ко второму спряжению, а глагол «терпеть» — с суффиксом -е- и имеет окончания второго спряжения, поэтому является исключением. 1

Также выбор между суффиксами -и- и -е- зависит от переходности глагола: переходные глаголы пишутся с суффиксом -и-, а непереходные — с суффиксом -е-. 24