Разница между Git Desktop и командной строкой Git заключается в интерфейсе для работы с системой контроля версий Git:
Выбор между Git Desktop и командной строкой зависит от предпочтений пользователя и задач, которые нужно решить. Например, командная строка позволяет автоматизировать работу с Git и выполнять определённые задачи, для которых графический интерфейс не подходит (например, создавать SSH-туннель на удалённые серверы). 1 Git Desktop же предоставляет дополнительные возможности, например, позволяет визуально отображать ветки, изменения в них и активность коллег по команде. 1
Таким образом, выбор между этими инструментами зависит от конкретных потребностей и предпочтений пользователя.