Разница между git clone и git worktree заключается в их функциях.

git clone используется для создания копии репозитория. 1 С помощью этой команды можно не создавать и инициализировать локальный репозиторий проекта, а сразу получить его с сервера. 3 Клонированный репозиторий имеет такую же функциональность, как и оригинальный. 2

git worktree предназначен для управления несколькими рабочими ветками. 3 С помощью этой команды можно связать другие рабочие деревья с репозиторием. 4 Git worktree позволяет централизованно управлять репозиторием: достаточно вызывать git fetch в любой папке, чтобы обновления были видны во всех. 5

Таким образом, git clone фокусируется на копировании репозитория, в то время как git worktree — на управлении несколькими ветками.