Разница между гидрофобными взаимодействиями в растворимых и мембранных белках заключается в их расположении и взаимодействии с окружающей средой:

• В растворимых белках гидрофобные группы аминокислот обращены внутрь, к центру молекулы, а гидрофильные группы — наружу, к водной среде, что делает белок растворимым. 2
• В мембранных белках гидрофобные участки их молекул примыкают к гидрофобным хвостам фосфолипидов, а гидрофильные — к гидрофильным фосфатным головам фосфолипидных молекул. 2 Таким образом, мембранные белки контактируют не с полярным растворителем, а с гидрофобной средой липидного бислоя. 1

Таким образом, в растворимых белках гидрофобные взаимодействия направлены внутрь молекулы, а в мембранных — наружу, в сторону окружающей среды.