В чем разница между геометрическим и физическим поперечным сечением?

Возможно, имелись в виду понятия «эффективное поперечное сечение» и «геометрическое поперечное сечение». dic.academic.ru physics.stackexchange.com

Эффективное поперечное сечение — физическая величина, которая характеризует вероятность перехода системы двух сталкивающихся частиц в результате их рассеяния (упругого или неупругого) в определённое конечное состояние. dic.academic.ru

Геометрическое поперечное сечение — это физическая область, для которой происходит столкновение, например, как у бильярдных сфер. physics.stackexchange.com

Таким образом, разница между понятиями заключается в том, что первое относится к физике, а второе — к области, где происходит столкновение частиц.