Разница между фразовыми глаголами «come» и «come up» заключается в их значениях:

• «Come» означает приходить, прибывать, происходить. 14 Например: He came home late at night — Он пришёл домой поздно вечером. 1
• «Come up» означает возникать, появляться (о проблемах, вопросах, идеях). 13 Например: A problem came up during the project — Возникла проблема во время проекта. 1 Также он может означать приближаться по времени, становиться актуальным. 1 Например: The deadline is coming up soon — Скоро наступит крайний срок. 1

Таким образом, «come» описывает движение к какому-либо месту, а «come up» — движение к месту на более высоком уровне или появление чего-либо в определённом контексте. 5