Разница между фразовыми глаголами come across и encounter заключается в их значениях:

• Come across означает встретить или найти что-то случайно. 4 Также может означать быть понятным, доходить до собеседника. 710
• Encounter означает неожиданно встретить, столкнуться (с кем-либо или чем-либо). 69 Может означать иметь столкновение, стычку, встретиться (в бою и т. п.). 6

Таким образом, come across описывает случайное столкновение с объектом, а encounter — встречу с кем-либо или чем-либо неожиданно. 69

Выбор между этими глаголами зависит от конкретного контекста и желаемого описания события.