Разница между фотосинтезом у С3- и С4-растений заключается в следующем:

1. У С3-растений в одном и том же хлоропласте фиксируется СО2, образуется водород и АТФ, а затем в ходе темновой фазы эти вещества используются для синтеза органических веществ. 5
2. У С4-растений эти процессы разделены в пространстве: АТФ, водород и СО2 накапливаются в хлоропластах клеток мезофилла, а оттуда транспортируются в хлоропласты клеток проводящего пучка, где из них синтезируются органические вещества. 5

Кроме того, у С3-растений первым продуктом фотосинтеза является фосфоглицериновая кислота с тремя атомами углерода, а у С4-растений — органические кислоты с четырьмя атомами углерода (яблочная, щавелевоуксусная, аспарагиновая). 25