Разница между форматами PE и ELF для исполняемых файлов заключается в их использовании в разных операционных системах:

• PE (Portable Executable) — формат исполняемых файлов, объектного кода и динамических библиотек, используемый в 32- и 64-разрядных версиях операционной системы Microsoft Windows. 1 Формат PE представляет собой структуру данных, содержащую всю информацию, необходимую PE-загрузчику для отображения файла в память. 1
• ELF (Executable and Linkable Format) — формат исполняемых файлов, используемый в Linux и большинстве других версий Unix. 13 В этом формате используется полностью позиционно-независимый код и глобальная таблица смещений, которая жертвует временем выполнения в пользу расходования памяти. 1