Разница между FlowPane и HBox в JavaFX заключается в том, как они размещают вложенные элементы:

• FlowPane размещает элементы либо по горизонтали (если элементы не помещаются, то они переносятся на новую строку), либо по вертикали (если элементы не помещаются, то они переносятся в новый столбик). 1
• HBox размещает все элементы в виде одной строки, то есть горизонтального стека. 1

Таким образом, FlowPane позволяет размещать элементы в нескольких строках или столбцах, в то время как HBox размещает их только в одной строке. 25

Выбор между этими панелями компоновки зависит от конкретных требований к размещению элементов в приложении.