Разница между флагами PCREDOTALL и PCREEXTENDED в регулярных выражениях PHP заключается в их функциях.

PCRE_DOTALL делает так, что метасимвол «точка» в шаблоне соответствует всем символам, включая перевод строк. 12 Без этого модификатора анализатор исключит переводы строк. 2

PCRE_EXTENDED, в свою очередь, позволяет игнорировать в шаблоне следующие символы: 12

• неэкранированные пробелы, символы табуляции и пустой строки, если они не являются частью символьного класса; 12
• все символы между неэкранированным символом «#» (если он не является частью символьного класса) и символом перевода строки (включая сами символы « » и «#»). 12

Таким образом, PCREDOTALL фокусируется на обработке метасимвола «точка», а PCREEXTENDED — на игнорировании определённых символов в шаблоне.