Разница между филогенетической и линнеевской номенклатурой в биологии заключается в принципах классификации организмов:

1. Филогенетическая номенклатура использует все известные критерии для интерпретации филогении (эволюции) таксона. 4 Организмы упорядочиваются в эволюционное древо — кладограмму, базируемое на степени родства. 14
2. Линнеевская номенклатура основана на бинарной номенклатуре, разработанной Карлом Линнеем. 13 Согласно ей, каждый вид получает двойное название: родовое и видовое. 3 Для более детальной классификации используются вспомогательные единицы, названия которых образуются прибавлением к основным единицам приставок «над-» и «под-», например, надцарство, подвид. 3