Разница между этнической и популяционной генетикой заключается в объекте изучения:

• Этническая генетика фокусируется на этнической структуре популяций и выяснении генетических последствий этноисторического и экологического развития народонаселения. 1
• Популяционная генетика изучает генофонды популяций, а конкретно — полиморфные участки геномов, отличающие одни популяции от других. 2 Различия выражаются количественно — через изменение частоты тех или иных генетических маркеров. 2

Таким образом, этническая генетика изучает этнические группы, в то время как популяционная генетика — генофонды и генетические процессы в популяциях. 25

При этом этнос — категория не биологическая, а социальная, и принадлежность к тому или иному этносу определяет сам человек. 5