Разница между естественными и искусственными методами классификации бактерий заключается в их целях и принципах:

1. Естественная (филогенетическая) классификация объединяет родственные формы, связанные общностью происхождения, и на этой основе создаёт филогенетическое древо бактерий. 1
2. Искусственная классификация объединяет бактерии в отдельные группы на основе их сходства по комплексу морфологических, физиологических, биохимических признаков. 25 Она используется для идентификации и распознавания (определения) бактерий. 1

Таким образом, естественная классификация направлена на установление родственных связей, а искусственная — на объединение бактерий по сходным признакам для их идентификации и определения. 18

Например, в основе искусственной систематики лежит «Определитель бактерий Бёрджи», в котором легко выявляемые свойства являются основой для объединения бактерий в большие группы. 8