Разница между эписомами и неинтегрирующими плазмидами заключается в их поведении и состоянии:

1. Эписомы — генетические элементы бактерий, способные существовать как в интегрированном с бактериальными хромосомами состоянии, так и в виде автономных плазмид. 8 Они могут переходить из одного состояния в другое, что зависит от вида клеток. 5
2. Неинтегрирующие плазмиды автономны и не связаны с хромосомой бактерии. 1 Они существуют в цитоплазме бактерий и способны самостоятельно репродуцироваться; в клетке может присутствовать несколько их копий. 1

Таким образом, основное различие в том, что эписомы могут интегрироваться в хромосому хозяина, в то время как неинтегрирующие плазмиды реплицируются независимо от неё.