Разница между добавлением пути Python в системные и пользовательские переменные окружения заключается в уровне доступа к настройкам. 1
Системные переменные доступны для всех пользователей в глобальном масштабе. 1 Чтобы изменить такие переменные, нужен неограниченный доступ к машине, то есть права администратора. 24
Пользовательские переменные доступны только для конкретной учётной записи пользователя. 1
Например, переменная PATH — одна из важных системных переменных окружения, которая определяет каталоги, где операционная система ищет исполняемые файлы, в том числе интерпретатор Python. 1 Для эффективной работы с Python важно добавить расположение интерпретатора в переменную PATH. 1
При этом Windows объединяет пользовательские переменные после системных, что может привести к неожиданным результатам при изменении PATH. 24