Разница между cron и at при планировании задач в Linux заключается в том, для каких типов задач используются эти инструменты: 12

• Cron — инструмент для регулярных задач, которые повторяются в установленное время. 1 Это демон, который работает в фоновом режиме и выполняет задачи, запрограммированные в определённое время. 1 Расписания для этих задач хранятся в текстовых файлах crontab, каждый пользователь в системе может иметь свой собственный crontab. 1
• At — утилита для одноразовых задач, которые должны выполниться в конкретный момент времени. 1 В отличие от cron, задачи at не повторяются. 1

Таким образом, cron подходит для задач, которые нужно выполнять регулярно, а at — для задач, которые необходимо выполнить один раз.