Разница между CLR и Ngen в процессе компиляции исполняемого кода заключается в следующем:

1. CLR (среда исполнения) компилирует CIL-код в машинный код во время выполнения программы при помощи JIT-компилятора. 3 При этом компилируется не весь код сразу, а только тот, который нужен на данный момент, при необходимости с целью оптимизации код может перекомпилироваться. 3
2. Ngen (генератор образов в машинном коде) выполняет преобразование из CIL в машинный код перед запуском приложения, а не во время работы приложения. 2 При этом сборка компилируется целиком, а не по одному методу за раз. 2 Ngen сохраняет созданный код в кэше образа машинного кода в виде файла на диске. 2