В чем разница между чередованием гласных и полногласными сочетаниями в корнях слов?

Возможно, имелись в виду различия между чередованием гласных и полногласными сочетаниями в корнях слов.

Чередование гласных может иметь разные функции, например: служить словообразовательным средством (город — Волгоград), способствовать семантическим различиям (голова — глава), отличаться стилистической окраской (волосы — власы). 5

Полногласные сочетания характерны для некоторых слов русского языка, которые являются общеславянскими по происхождению. 4 В корне слова или иногда в приставке встречаются буквосочетания: -оро-, -ере-, -оло-, -ело-. 4 Этим исконно русским словам соответствуют однокоренные слова со старославянскими неполногласиями: -ра-, -ре, -ла-, -ле-. 4

Таким образом, разница заключается в том, что чередование гласных может выполнять различные функции, а полногласные сочетания связаны с определёнными буквосочетаниями и происхождением слов.

Примеры чередований: ворота — вратарь, молодой — младший, привередливый — вред, ошеломлённый — шлем. 5 Примеры полногласных сочетаний: бОРОда, гОРОд, бЕРЁза, пЕРЕдел, мОЛОко, мОЛОдёжь, гОЛОва. 4