Разница между BLAST и Needleman-Wunsch заключается в подходах к выравниванию последовательностей. 18

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ориентирован на локальное выравнивание, то есть на поиск подобия только в пределах некоторой части последовательности. 8 Результатом локального выравнивания является выбор участка в каждой из последовательностей и выравнивание между этими участками. 8 BLAST предназначен для сравнения новых последовательностей с уже содержащимися в базах данных. 5

Needleman-Wunsch — алгоритм глобального выравнивания, который предполагает, что последовательности гомологичны по всей длине. 110 Алгоритм ищет лучшее выравнивание полных последовательностей. 1 Needleman-Wunsch широко используется в вычислительной биологии и биоинформатике для сравнения гомологичных последовательностей, выявления консервативных областей и предсказания эволюционных связей. 2

Таким образом, BLAST больше подходит для работы с частями последовательностей, а Needleman-Wunsch — для сравнения целых последовательностей.