Разница между аналогией и методологией заключается в их определениях:

1. Аналогия — это подобие, сходство предметов, явлений, процессов, величин в каких-либо свойствах, а также познание путём сравнения. 3 Суть метода аналогии состоит в том, чтобы находить общее между предметом исследования и другими объектами, опираясь на знания об определённых свойствах и характеристиках изучаемого предмета или явления. 2
2. Методология — это совокупность процедур, приёмов и методов науки, объединённых в единую конструктивную программу и служащих средствами для постижения того или иного объекта научного знания. 7 В широком смысле слова — совокупность методов, используемых в той или иной области деятельности для реализации определённых целей. 7

Таким образом, аналогия фокусируется на поиске сходства, а методология — на совокупности методов и приёмов, используемых в исследовательской деятельности.