Разница между анализирующим и возвратным скрещиванием заключается в их целях и процессе:

1. Анализирующее скрещивание позволяет установить, гомозиготен или гетерозиготен организм по доминантному гену. 1 Для этого скрещивают особь, генотип которой следует определить, с особью, гомозиготной по рецессивному гену. 1
2. Возвратное скрещивание — это скрещивание гибрида с одной из родительских форм, несущей данную пару аллелей в гомозиготном состоянии. 4 Такие скрещивания применяют, когда хотят усилить в гибриде проявление признаков какой-либо родительской формы. 5 Например, их используют в современной селекции при выведении сортов, устойчивых к болезням. 5