Разница между аллогенезом и арогенезом заключается в характере эволюционных процессов:

1. Арогенез — путь развития группы организмов, характеризующийся повышением уровня морфофизиологической организации, освоением новой среды обитания. 2 Приводит к появлению крупных систематических групп — царств, отделов (типов), классов. 4
2. Аллогенез — путь эволюционного развития, при котором организмы приобретают частные адаптации, не изменяющие их общий уровень организации. 4 Благодаря им живые организмы приспосабливаются к конкретным внешним условиям, занимая в своей среде обитания разнообразные экологические ниши. 4 Путем аллогенеза в составе крупных систематических групп возникают более мелкие — новые виды, роды, семейства, порядки (отряды). 4