Разница между агарозным и полиакриламидным гелем при электрофорезе ДНК заключается в их свойствах и областях применения:

• Агарозный гель имеет большой размер пор и используется для разделения больших молекул с молекулярной массой большей, чем 200 кДа. 2 Разделение в агарозных гелях происходит быстро, но с ограниченным разрешением, так как полосы, образующиеся в агарозных гелях, имеют тенденцию размываться и распространяться в стороны. 2
• Полиакриламидный гель используют, если необходимо разделить фрагменты длиной всего в несколько десятков пар нуклеотидов, так как через этот гель «протискиваться» сложнее. 1 Полиакриламидный гель также применяют для высокого разрешения коротких молекул ДНК и при секвенировании. 3

Таким образом, агарозный гель больше подходит для разделения крупных молекул, а полиакриламидный гель — для работы с короткими фрагментами ДНК.