Различие между «стопАми» и «стОпами» в современном русском языке заключается в значении слова «стопы». 1

Если употреблять слово «стопы» в значении «нижняя часть ноги», «ступня», то при склонении и во множественном числе ударение падает на последний слог — «стопЫ». 1

Если же слово «стопы» употребляется в значении ритмической единицы стиха или ряда сложенных друг на друга предметов, пачки — стопки, то ударение падает на первый слог — «стОпы». 1

Таким образом, в значении «часть ноги» ударение падает на последний слог, а в других значениях — на первый. 12