Некоторые преимущества стереоскопических микроскопов перед обычными:

• Объёмное (стереоскопическое) изображение. 12 В окулярах стереомикроскопа оба глаза видят разные изображения, что позволяет воспринимать объём объекта наблюдения. 1
• Прямое изображение. 15 В отличие от обычных микроскопов, в стереоскопических изображение не перевёрнутое. 25
• Возможность исследовать крупные образцы. 1 Это обеспечивается объективами с большими рабочими расстояниями. 1
• Возможность использовать объективы с кратностью менее 1х. 1 Они увеличивают рабочее расстояние и уменьшают результирующее увеличение микроскопа. 1
• Большая глубина резкости объективов. 1 Позволяет наблюдать крупные образцы в фокусе. 1
• Более широкое поле зрения. 1

Кроме того, стереомикроскопы позволяют проводить под микроскопом манипуляции с точностью и удобством, недоступным невооружённому глазу. 1