Некоторые преимущества соматической гибридизации по сравнению с половой:

• Возможность скрещивания филогенетически отдалённых видов растений, которые невозможно скрестить обычным половым путём. 1
• Получение асимметричных гибридов, несущих весь генный набор одного из родителей наряду с несколькими хромосомами (или только органеллами и цитоплазмой) другого. 1
• Получение гибридов, гетерозиготных по внеядерным генам (генам пластид и митохондрий). 3
• Получение генетически модифицированных гибридных растений, так как протопласт является идеальным реципиентом для чужеродной ДНК. 1
• Более короткий цикл размножения по сравнению с традиционными методами размножения растений. 2 Для получения нового гибрида при обычном размножении растений может потребоваться несколько лет, тогда как при соматической гибридизации новый гибрид может быть получен в течение нескольких месяцев. 2