Преимущества просвечивающего электронного микроскопа перед оптическим:

• Более высокое увеличение и разрешение. 14 Это позволяет исследовать структуры на молекулярном и атомном уровне, рассматривать детали, которые не могут быть получены с помощью оптических приборов. 14
• Возможность визуализировать внутренние структуры. 1 Например, изучать детали кристаллической структуры материала, расположение атомов и дефекты решётки. 2
• Отсутствие необходимости в фиксации или окрашивании образца. 1 Это даёт возможность визуализировать образец в его естественной среде. 1
• Возможность дополнительного воздействия на объект в ходе исследования. 3 Его можно нагревать, облучать, деформировать, намагничивать. 3

Однако для использования просвечивающего электронного микроскопа требуется более сложная подготовка образцов, например, создание тонких срезов или покрытие образца тонким слоем металла для улучшения проводимости. 4