Некоторые преимущества микроклонального размножения растений перед обычным:

• Получение генетически однородного посадочного материала. 12 При размножении семенами или черенкованием не всегда удаётся добиться такой идентичности. 4
• Освобождение растений от вирусов за счёт использования меристемной культуры. 1
• Высокий коэффициент размножения. 1 Для травянистых растений он составляет 10⁵–10⁶, для кустарников — 10⁴–10⁵, для хвойных — 10⁴. 1
• Сокращение продолжительности селекционного процесса. 1
• Ускорение перехода растений от ювенильной к репродуктивной фазе развития. 1
• Размножение растений, трудно размножаемых традиционными способами. 1
• Возможность проведения работ в течение года и экономия площадей, необходимых для выращивания посадочного материала. 1