Преимущества метода Illumina/Solexa по сравнению с другими методами секвенирования нового поколения:

• Высокая производительность. 13 За одно прочтение получается 600 Gb информации, что позволяет получать большие объёмы данных за короткое время. 13
• Небольшая стоимость секвенирования. 13 Стоимость секвенирования на 1 Gb информации небольшая, так как метод Illumina считается одним из самых дешёвых. 13
• Точность при небольшой длине прочтения. 13 Средняя частота ошибок составляет 0,5% — одна ошибка на прочтение длиной 200 нуклеотидов. 13

К недостаткам метода Illumina/Solexa можно отнести высокую стоимость приборов и небольшую длину прочтений (до 250 нуклеотидов). 13