Некоторые преимущества конфокальной флуоресцентной микроскопии перед обычной:

• Улучшенная разрешающая способность. 2 Это достигается благодаря использованию лазеров в качестве источников света, которые обеспечивают более эффективную работу оптической системы, снижают количество бликов и увеличивают точность фокусировки пучка света. 2
• Высокая контрастность изображения. 12 Это достигается за счёт использования сфокусированной подсветки в области анализа и диафрагмирования флуоресцентного излучения в плоскости изображения. 1
• Возможность проводить мультиспектральные исследования с высокой степенью разделения сигналов. 2
• Получение «оптических срезов» с трёхмерной реконструкцией. 2 Специальные программы позволяют из серии оптических срезов создавать объёмные изображения объектов, а также рассматривать их под разными углами зрения. 2
• Компьютерная обработка, анализ и хранение полученных изображений. 4