Некоторые преимущества использования геномики для таксономии микроорганизмов:

• Возможность описания и предсказания свойств большого числа новых организмов на основе их геномов без культивирования. 3
• Основа для выбора условий культивирования новых микроорганизмов. 3
• Описание структуры и функции микробных сообществ, то есть понимание, какие организмы присутствуют и что они могут делать. 3
• Выявление штаммов, которые не могут быть обнаружены с использованием других методов. 2 Например, 16S-метагеномика на основе секвенирования нового поколения (NGS) позволяет объединить множество образцов в одном запуске и выявить штаммы, которые отличаются всего на один SNP. 2
• Контроль экологического состояния объекта. 1 Изменение химического состава субстрата неминуемо вызывает изменения бактериального состава, а геномное секвенирование позволяет выявить эти изменения с высокой точностью. 1