Некоторые преимущества ионного микроскопа перед другими типами сканирующих зондовых микроскопов:

• Более высокая разрешающая способность. 1 Это связано с тем, что длина волны де Бройля для ионов значительно меньше, чем для электронов, поэтому в ионном микроскопе очень малы эффекты дифракции. 1
• Меньшее влияние изменения массы ионов при больших ускоряющих напряжениях. 1
• Лучшая контрастность изображения. 1
• Возможность создавать микрошлифы для изучения внутренней структуры образца без необходимости его разрушения. 3
• Возможность прецизионно модифицировать образец с помощью пучка ионов, например, вырезать на его поверхности желаемые структуры. 3