Некоторые преимущества сканирующего зондового микроскопа (СЗМ):

• позволяет получать истинно трёхмерный рельеф поверхности; 13
• даёт возможность исследовать как проводящие, так и непроводящие поверхности; 13
• предназначен для работы на воздухе, в вакууме и жидкости, что позволяет изучать материалы и биологические объекты в нормальных для них условиях; 1
• позволяет проводить литографию поверхности, определять жёсткость объектов, гладкость структуры, силу адгезии и другие характеристики; 3
• даёт возможность изучать биологические объекты в нативном (живом) состоянии в реальном времени. 3

Некоторые недостатки СЗМ:

• Небольшой размер поля сканирования. 12 Максимальный перепад высот у СЗМ составляет несколько микрометров, а максимальное поле сканирования в лучшем случае — порядка 150×150 микрометров. 1
• Низкая скорость развёртки. 1 Для получения СЗМ-изображения требуется от нескольких минут до нескольких часов. 1
• Искажения изображений. 12 Качество изображения определяется радиусом кривизны кончика зонда, что при неправильном выборе зонда или его повреждении приводит к появлению артефактов на получаемом изображении. 1
• Сложность интерпретации результатов. 5 Изображение, полученное с помощью СЗМ, определяется не только рельефом поверхности, но и плотностью состояний, величиной и знаком напряжения смещения, величиной тока. 5