Преимущества сайт-направленного мутагенеза по сравнению со случайным мутагенезом:

• Конкретные и преднамеренные изменения в последовательности ДНК, гена и продуктов генов. 2 Это позволяет исследовать структуру и биологическую активность ДНК, РНК и белков, а также использовать метод для белковой инженерии. 2
• Возможность вносить точковые мутации в клонированный ген, при этом отпадает необходимость во встраивании гена в ДНК фага и переносе мутантного гена из М13-вектора в экспрессирующий вектор. 4

Недостатки сайт-направленного мутагенеза:

• Для получения мутантного гена необходим его перенос из плазмиды в фаговую ДНК, а после завершения мутагенеза — обратно в плазмиду. 1

Недостатки случайного мутагенеза: в клонированном гене образуется большое число случайных мутаций, необходимым этапом работы является тестирование каждого клона для идентификации того, который детерминировал бы синтез нужного белка. 14