Преимущества пудинговой модели атома, предложенной Томсоном, заключались в том, что с её помощью можно было объяснить ряд известных к тому времени физических явлений, таких как электризация, электрическая проводимость твёрдых тел, жидкостей и газов. 1 Также модель объясняла, что атомы электрически нейтральны и содержат электроны. 3

Некоторые недостатки пудинговой модели атома:

• Не учитывала присутствие в атоме положительно заряженных частиц (протонов), которые позже были идентифицированы как протоны. 2
• Не могла объяснить результаты эксперимента с золотой фольгой, проведённого Резерфордом, который показал, что большая часть массы и положительного заряда атома сосредоточена в маленьком плотном ядре в центре атома. 2
• Не могла объяснить явление атомных спектров, которое заключается в испускании и поглощении атомами света определённой длины волны. 2
• Не объясняла наличие изотопов. 2
• Не могла объяснить устойчивость атома. 5

В итоге пудинговая модель атома оказалась экспериментально опровергнута. 5