Преимущества масс-спектроскопии по сравнению с другими спектроскопическими методами:

• Высокая чувствительность. 12 Для анализа достаточно малого количества вещества (1 мг и меньше). 17
• Универсальность. 1 Возможность анализа широкого круга объектов: от элементов до сложных белковых молекул. 1
• Информативность и надёжность метода. 4 Масс-спектрометрия оперирует простейшими характеристиками вещества: массой молекулы и её основных фрагментов, а также отношением количеств этих фрагментов. 4

Недостатки масс-спектроскопии:

• Деструктивный метод анализа. 12 Используемый образец нельзя восстановить для дальнейшего анализа или синтеза. 1
• Ограниченная информативность масс-спектров. 10 Они могут быть простыми, что не позволяет судить о структуре вещества и сравнить спектр с базами масс-спектральных данных. 1
• Невозможность работы с образцами, которые нельзя перевести в газовую фазу. 4