Преимущества масс-спектрометрического метода определения аминокислотной последовательности:

• высокая скорость интерпретации; 2
• устойчивость результата к посттрансляционным модификациям, точечным мутациям, неполному и неспецифичному гидролизу; 2
• высокая надёжность получаемых результатов. 2

Недостатки:

• многостадийность и длительность процесса; 1
• необходимость сложного и дорогостоящего оборудования; 1
• избыточность числа предлагаемых гипотез, что приводит к увеличению времени сопоставления гипотез с базой данных и уменьшению избирательности поиска. 2

Также каждый алгоритм разрабатывается для конкретного класса приборов и не может быть впоследствии адаптирован к приборам другого класса. 2

Выбор метода зависит от конкретных задач и требований к анализу.