Молекулярная динамика — метод компьютерного моделирования для анализа физических движений атомов и молекул. 5 В биологии его используют для изучения движений макромолекул, таких как белки и нуклеиновые кислоты. 5 Некоторые преимущества применения молекулярной динамики в биологии:

• возможность прогнозирования структуры белка путём моделирования сворачивания полипептидной цепи; 5
• полезность для интерпретации результатов определённых биофизических экспериментов; 5
• возможность моделирования взаимодействий с другими молекулами, например, при стыковке лигандов. 5

Однако у метода есть и недостатки: длительное моделирование может вызывать кумулятивные ошибки, которые можно свести к минимуму при правильном выборе алгоритмов и параметров, но не устранить. 5

Моделирование методом Монте-Карло — вычислительный метод, связанный со случайной выборкой физической величины. 2 Его применяют в разных областях, в том числе в оптике биотканей. 2 Некоторые преимущества использования метода Монте-Карло в биологии:

• возможность моделирования сложных систем и процессов, состоящих из множества неопределённых взаимодействующих компонентов; 10
• получение интуитивного понимания сложных вероятностных процессов; 10
• хорошая работа с нелинейными зависимостями и обратной связью в системах; 10
• доступность множества программ и готовых библиотек, которые упрощают реализацию метода. 10

К недостаткам метода Монте-Карло относят:

• для получения точных результатов требуются большие вычислительные мощности, особенно в случаях с большим количеством переменных; 10
• результаты моделирования сильно зависят от точности и качества входных данных, а ещё они могут быть сложны для интерпретации, особенно если моделируется множество переменных; 10
• из-за использования случайных выборок результаты могут меняться от одного запуска к другому, что требует много прогонов для надёжности. 10