Преимущества интеркалирующих красителей для детекции ПЦР:
- Относительная дешевизна как самого красителя, так и наборов реагентов с его использованием. 1
- Возможность визуализации продуктов ПЦР. 1 При связывании с ДНК интенсивность флуоресценции увеличивается в несколько десятков раз. 1
- Возможность отслеживания накопления копий амплифицируемого фрагмента на каждом цикле. 2 Это позволяет построить кинетическую кривую процесса. 2
Недостатки интеркалирующих красителей для детекции ПЦР:
- Способность связываться с любой двуцепочечной ДНК, появляющейся в реакционной смеси. 12 В результате флуоресцентный сигнал может генерироваться как целевым продуктом ПЦР, так и неспецифическими продуктами побочных реакций. 2
- Избыток некоторых красителей, например SYBR Green I, ингибирует активность Taq-полимеразы, что может привести к получению ложноотрицательных результатов ПЦР. 1