В чем преимущества и недостатки гибкого и жесткого докинга при моделировании белковых взаимодействий?

Жёсткий докинг — разновидность молекулярного докинга, при которой не учитывается конформационная подвижность молекул. physcolloid.ru При таком подходе длины связей, углы и торсионные углы партнёров докинга остаются неизменными в процессе моделирования. ru.ruwiki.ru ru.wikipedia.org

Преимущества жёсткого докинга: алгоритм лишь выбирает оптимальные с точки зрения энергии положения лиганда в сайте связывания. physcolloid.ru

Недостатки: жёсткий докинг некорректно описывает взаимодействия, так как в реальности в процессе докинга лиганд и белок изменяют конформации для достижения наилучшего связывания. ru.ruwiki.ru

Гибкий докинг — подход, при котором лиганду и аминокислотам сайта связывания придаётся конформационная подвижность. physcolloid.ru

Преимущества гибкого докинга: позволяет получать оценки взаимодействий, наиболее приближённые к естественным. ru.ruwiki.ru

Недостатки: подсчёт всех возможных конформационных изменений с учётом движения на современном уровне развития компьютеров занял бы огромное время. ru.ruwiki.ru Кроме того, большое количество степеней свободы может приводить к увеличению количества ложно положительных результатов. ru.ruwiki.ru

Таким образом, гибкий докинг значительно точнее жёсткого, однако более ресурсоёмок. physcolloid.ru