Преимущества фенотипической классификации микроорганизмов:

• возможность быстрее установить принадлежность микроорганизма к определённому таксону. 9Недостатки фенотипической идентификации бактерий:
• ограниченность набора исследуемых признаков; 1
• высокая изменчивость свойств микроорганизмов; 1
• малая информативность; 1
• высокая трудоёмкость; 1
• низкая стандартизация; 1
• высокая стоимость исследования; 1
• длительность исследования; 1
• продолжительное культивирование (некультивируемость) некоторых возбудителей. 1

Преимущества геносистематической классификации микроорганизмов:

• позволяет определить вид микроорганизмов не по сходству, а по родству; 2
• даёт возможность охарактеризовать наследственные свойства (генотип) микроорганизмов и дополнить их описание, которое до последнего времени отражало исключительно структурные и функциональные свойства (фенотип). 3

Недостатки геносистематической классификации:

• многие микроорганизмы имеют одинаковые морфологические признаки, но различаются по строению геномов, родственные связи между ними часто бывают неясными; 69
• краеугольное для каждой классификации понятие «вид» для бактерий до сих пор не имеет чёткого определения; 69
• в ряде случаев истинное родство между бактериями может оказаться спорным, поскольку оно лишь отражает общность происхождения от одного далёкого предка. 69