Преимущества электронной ионизации по сравнению с химической ионизацией:

• Возможность предсказать первоначальную структуру вещества. 2 Химия фрагментации ионов при электронной фрагментации хорошо изучена, поэтому, зная массы фрагментов и их интенсивности, можно предсказать первоначальную структуру вещества. 2
• Воспроизводимые масс-спектры. 2 Существуют библиотеки, содержащие сотни тысяч спектров различных веществ, полученные с помощью метода электронной ионизации, что облегчает качественный анализ. 2

Преимущества химической ионизации:

• Меньшая фрагментация. 35 Процесс химической ионизации сообщает меньше энергии анализируемой молекуле по сравнению с электронной ионизацией, поэтому он приводит к не столь значительной фрагментации и к более простым (менее детальным) масс-спектрам. 3
• Появление пика от протонированного молекулярного иона. 3 Его масса на единицу превышает массу анализируемого вещества, что облегчает измерения молекулярной массы. 3