Преимущества двухмерного электрофореза перед обычным заключаются в более полном разделении анализируемых веществ, так как он проводится в двух направлениях. 12
В первом направлении электрофорез проводят обычным способом, а затем полученную электрофореграмму используют без фиксации и окрашивания в качестве стартовой зоны для электрофореза во втором направлении, перпендикулярном первому. 12